Las Tortugas Ninja son cuatro hermanos tortugas que luchaban para proteger al mundo del malvado Shredder. Las Tortugas Ninja adquieren forma humanoide por culpa de los residuos radiactivos. Éstas serán entrenadas en el combate por Splinter, un maestro de artes marciales que también es una rata de tamaño humano por culpa de los residuos radiactivos. Splinter les pone nombre a las tortugas. Y las llama como sus pintores renacentistas favoritos: Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael. Las Tortugas Ninja vivían en las alcantarillas de Nueva York.

Shredder también vive bajo tierra, en Technodrome. Esta cúpula pertenece a Krang, un malvado cerebro alienígena de la Dimensión X que vive encapsulado dentro de un cuerpo robótico. La única amiga humana de las tortugas es April O’Neil, experta programadora informática, ayudante del doctor Stockman, y reportera del "Canal 6".